Ege'yi gezenler buranın pek çok medeniyete ev sahipliği yaptığını yakından bilirler. Denilebilir ki Ege; toprağı her karıştırdığınızda sizi farklı medeniyetlerin selâmıyla karşılar. Aydın iline bağlı Koçarlı ilçemiz de bir çok kavmin uğrak yeri ve medeniyet beşiği olmuştur.

Tarihî açıdan bakıldığında Koçarlı'nın tarihi M.Ö. 3000 yıllarına kadar dayanmakta. Yörenin bilinen ilk sahipleri, M.Ö. 300 yıllarına kadar yaşadığı sanılan ve tarihçilerin oldukça ilgisini çeken 'Savaşçı Kadınlar Diyarı'olarak adlandıracağımız bugünkü Mersinbeleni Köyü'nün güneyindeki harabelerde yaşadığı tespit edilen Amyzonlar'dır. Bu dönemde bölge, Büyük İskender'in komutanlarından Antiyöküs idaresinde 150 yıl kadar kalmıştır. Daha sonra Roma İmparatorluğu'nun istila ettiği ve yönettiği bu güzelim topraklar 1260 yılında Anadolu Selçuklu Devleti'nin egemenliğinde ebedî kimliğine kavuşarak Türkleşmiştir. Anadolu Selçuklu Devleti'nin dağılmasından sonra bir süre Menteşeoğulları Beyliği'nin yönetiminde kalan Koçarlı ve civarı, Sultan Çelebi Mehmet tarafından Osmanlı topraklarına katılmıştır. Koçarlı adı işte bu noktadan sonra ortaya çıkar.

Koçarlı adı; bir rivayete göre Koçarlı'ya yerleşen kişilerin eski yerleşim yeri olan Kaçkar, Kaçkarlı'dan, diğer bir rivayete göre ise; göçebe oluşlarından dolayı 'Göçerler' kelimesinden gelmektedir.

Kanunî Sultan Süleyman, 1522 yılında Rodos Seferi'ne çıkarken ordusuyla Koçarlı dolaylarında konaklar. Bu sırada 250 çadırlık aşireti ile bölgede bulunan Türk Aşireti Reisi Mehmet Bey, Kanunî'nin ordusuna katılarak Rodos Seferi'ne gider. Sefer sırasında Mehmet Bey'e bir oğlu olduğu haberi gelir. Bu haber Kanunî Sultan Süleyman'a ulaştırılır. Padişah, bu haberin kendisine uğur getireceğine inanarak çocuğun adını Cihan koyar. Rodos alınır. Sefer dönüşü Sarıçay, Büyük Menderes ve Çine Çayı arasında kalan genişçe araziyi de Kanûnî, Mehmet Bey'e bağışlar. İlk tavsiye edilen ve yerleşilen yer, Koçarlı'ya 3 km. mesafedeki verimli ve sulak Sobuca'dır (eski adıyla Su Bucağı).1700'lü yıllarda Türkistan'dan gelen bir aşiret şimdiki Koçarlı'nın bulunduğu yere yerleşir. Bu göçten sonra Cihanoğulları da Koçarlı'ya yerleşerek 1763-1764 yıllarında bugün bile tarihe meydan okurcasına ayakta kalan ilçe merkezindeki Kule'yi inşa ederler.

Koçarlı'nın nüfusu bu tarihlerden sonra daha da artar. Yerli Rumlardan bir kısmı Koçarlı'ya yerleşir. 1837 yılında Sobuca'da kurulan pazar, Koçarlı'ya nakledilerek burada kurulmaya başlar. Yunanlıların 27 Mayıs 1919'da Aydın'ı işgali ile İtalyan denetiminde bulunan Koçarlı'ya Büyük Menderes nehrini aşarak göç edenlerin sayısı da oldukça fazladır. Türk Ordusu'nun zafer kazanmasından sonra İtalyanlar Koçarlı'yı terk ettiklerinde burası nüfusu oldukça fazlalaşmış bir yer olarak karşımıza çıkar.

Koçarlı, II. Meşrutiyet'e kadar (1908) köy olarak yönetilmiştir.Meşrutiyetten sonra,coğrafi konumu sebebi ile bucak haline getirilmiş, 1 Nisan1946 yılında ise ilçe olmuştur.